1 сезон 1 серия - Пилот (Pilot)
Самолет, летящий рейсом 627 из Гамбурга до Бостона, попадает в грозу, и один из его пассажиров делает себе укол инсулина. Его сосед по креслу говорит, что это всего лишь шторм, но тот вскакивает с кресла, и кожа на его лице и руках начинает медленно расползаться. То же самое происходит со всеми остальными, включая экипаж, а самолет продолжает лететь, управляемый автопилотом. В это время агент Оливия Данэм и ее любовник Джон Скотт занимаются сексом в мотеле. Оливия замечает, что если об их связи узнает начальство, то кого-то из них переведут.

1 сезон 2 серия - Все та же старая история (The Same Old Story)
Мужчина проводит ночь с танцовщицей из бара, с которой познакомился несколько часов назад, и когда он идет в ванную и вытаскивает из сумки какой-то шприц, девушка говорит, что ее настоящее имя не Эмбер, а Лорейн Дейзи. Внезапно что-то начинает шевелиться внутри нее, она пугается и кричит. Незнакомец выходит из ванной, тащит Лорейн к машине, довозит до ближайшей больницы, где оставляет на пороге, а сам скрывается. Когда врачи везут ее в операционную, то думают, что девушка беременна, но та успевает сказать, что не беременна. Через несколько минут она умирает на операционном столе, а когда врачи видят ее ребенка, то приходят в ужас.

1 сезон 3 серия - Призрачная сеть (The Ghost Network)
Рой МакКомб входит в церковь и спрашивает священника, могут ли Бог и Дьявол говорить с людьми. Роя преследуют странные видения, в которых в автобус входит какой-то мужчина, надевает противогаз, а затем распыляет по салону некое вещество, берет рюкзак пассажирки и скрывается. Рой говорит священнику, что хочет все это остановить, а потом быстро уходит. В это время в автобусе происходит увиденное им раньше, и когда к автобусу приезжает полиция, то они видят, что тот заполнен странной прозрачной субстанцией, в которой задохнулись все пассажиры.

1 сезон 4 серия - Прибытие (The Arrival)
Лысый человек без бровей входит в забегаловку, делает заказ, и когда официантка приносит его, то он засыпает еду перцем и кетчупом, и только потом начинает есть, то и дело смотря в бинокль на расположенную рядом строительную площадку. Внезапно там взрывается газопровод, народ начинает разбегаться, падает башенный кран, а лысый человек спокойно доедает свой заказ и уходит. Выйдя на улицу, он набирает номер и произносит фразу "это прибыло". Ночью Уолтер будит Питера своим бормотанием, припоминая рецепт пива, которое не пробовал уже семнадцать лет. Утром Питер говорит Оливии, что устал работать с отцом и хочет уйти.

1 сезон 5 серия - Электрический голод (Power Hungry)
Лысый человек без бровей входит в забегаловку, делает заказ, и когда официантка приносит его, то он засыпает еду перцем и кетчупом, и только потом начинает есть, то и дело смотря в бинокль на расположенную рядом строительную площадку. Внезапно там взрывается газопровод, народ начинает разбегаться, падает башенный кран, а лысый человек спокойно доедает свой заказ и уходит. Выйдя на улицу, он набирает номер и произносит фразу "это прибыло". Ночью Уолтер будит Питера своим бормотанием, припоминая рецепт пива, которое не пробовал уже семнадцать лет. Утром Питер говорит Оливии, что устал работать с отцом и хочет уйти.

1 сезон 6 серия - Лечение (The Cure)
Фургон останавливается на пустынной улице города Милфорд, штат Массачусетс, и двое мужчин выбрасывают на дорогу неизвестную женщину, после чего уезжают. Придя в себя, та забредает в забегаловку, садится за стойку, и официант предлагает ей суп. Вернувшись на кухню, он говорит повару позвонить в полицию, и вскоре в забегаловку входит местный полицейский. Он начинает расспрашивать женщину, кто она и где живет, но та ничего не может вспомнить, кроме каких-то людей и лекарств красного и синего цветов. Когда она выходит из себя, полицейский связывается с участком, и в течение нескольких секунд все посетители и женщина оказываются мертвыми.

1 сезон 7 серия - Так мы познакомились с мистером Джонсом (In Which We Meet Mr. Jones)
Группа захвата окружает фургон, в котором, вопреки их ожиданиям, оказываются детские мягкие игрушки-панды. Глава команды Митчелл Лоэб встречается с Бройлсом и говорит, что получил информацию от своего информатора Джозефа Смита, и тот утверждал, что она верная. Внезапно Лоэб падает на пол, Бройлс вызывает неотложку и отправляет его в больницу, где реанимационная бригада пытается реанимировать его. Хирург вскрывает грудную клетку и видит, что на сердце Лоэба находится нечто, похожее на растение с шипами, и он не знает, как убрать его.

1 сезон 8 серия - Уравнение (The Equation)
Юный музыкальный гений Бен Стоктон едет на машине со своим отцом. На дороге они видят женщину, чья машина сломалась, и отец Бена выходит, чтобы спросить, что случилось. Он вызывает эвакуатор, затем предлагает ей посмотреть машину, и когда поднимает капот, то видит три мерцающих зеленых огня и один красный. Когда мужчина поднимает голову и оборачивается, то видит, что машины и женщины нет, рядом стоит эвакуатор, а его сын Бен пропал. Бройлс рассказывает Оливии и остальным об этом случае и говорит, что Бен Стоктон – не первый пропавший, а третий, но все предыдущие жертвы были учеными.

1 сезон 9 серия - Фантазия (The Dreamscape)
Мужчина опаздывает на презентацию, быстро входит в конференц-зал и сразу же приступает к делу, начиная рассказывать собравшимся свой доклад. Когда все расходятся, мужчина собирает вещи и видит бабочку, влетевшую в комнату. Бабочка неожиданно нападает на него и царапает, мужчина пытается прихлопнуть ее свернутой папкой, но появляются еще две бабочки, затем из вентиляции вылетает целая стая и нападает на него. Отбиваясь, мужчина разбивает собой окно и падает с небоскреба на крышу запаркованного рядом автомобиля.

1 сезон 10 серия - Сейф (Safe)
Несколько грабителей пробираются в банк Филадельфии, устанавливают перед сейфом некий прибор, направляют его на стену, и та становится пористой. Грабители проходят сквозь нее и забирают одну из ячеек, за которой приходили. Один из них остается, чтобы вытащить наконечник стрелы с веревкой, и когда выходит, то застревает в стене. Главарь убивает его и приказывает остальным уходить. Оливия, Питер и Уолтер встречаются с Бройлсом, тот рассказывает о случившемся, а Уолтер осматривает застрявшее в стене тело грабителя. Взглянув на мужчину, Оливия говорит, что знала его – они были в морской пехоте, и этого человека звали Рауль Луго.

1 сезон 11 серия - Связь (Bound)
Питер приходит в лабораторию и видит, как Уолтер накачивает гусеницу ЛСД. Астрид говорит им обоим, что Оливия пропала и не отвечает на звонки. В это время Оливию, привязанную к койке, переворачивают спиной вверх какие-то люди в масках, и врач берет пункцию спинного мозга. Оливия замечает белое пятно на ботинке одного из стоящих рядом людей. Когда врач уходит, Оливия просит дать ей воды, и когда охранник отвязывает ей одну руку, она нападает на него и сбегает. Бройлс сообщает остальным о пропаже Оливии, и что ее нужно найти.

1 сезон 12 серия - Без мозга (The No Brainer)
Подросток по имени Грег заканчивает говорить по телефону, кладет трубку и смотрит на экран монитора, где мелькают неясные тени. Не в состоянии отвести глаз от монитора, он видит, как из монитора вытягивается серебристая рука и касается его головы, убивая. Позже Оливия получает сообщение от Чарли, и они встречаются с родителями Грега, и его мать говорит, что Грег все время проводил за компьютером и переписывался со своим приятелем Люком. Уолтер забирает тело Грега в лабораторию и приходит к выводу, что его мозг каким-то образом был превращен в жидкость, и сливает мозг в стакан

1 сезон 13 серия - Превращение (The Transformation)
Пассажир самолета что-то пишет в своем блокноте, и когда на бумагу капает кровь, он поспешно идет в туалет, берет образец слюны и проверяет его. Тот окрашивается в красный, и тогда пассажир идет к стюардессе и требует пойти с ним. Отойдя в сторону, он требует собрать у пассажиров все транквилизаторы и принести к туалету, но не открывать дверь без предупреждения. Он запирается в туалете, смотрит в зеркало и видит, как выпадают зубы, а после он падает на пол, и из его спины начинают появляться шипы.

1 сезон 14 серия - Способность (Ability)
Находящийся в немецкой тюрьме мистер Джонс ломает шею своему адвокату, становится в угол камеры и исчезает, телепортировавшись в Бостон, в то время как недоумевающие охранники вбегают в камеру и видят, что адвокат мертв, а сам Джонс исчез. Две недели спустя Оливия сообщает Питеру, что Джонс сбежал, и что вчерашним вечером она говорила с немецкими властями. Также она говорит, что Джонс работал с Митчеллом Лоэбом. Уолтер замечает, что Джонс работал над телепортатором и мог с его помощью сбежать из тюрьмы.

1 сезон 15 серия - Дитя подземелья (Inner Child)
Рабочие устанавливают взрывчатку в здании, подготовленном ко взносу. Выходя на улицу, один из рабочих говорит напарнику, что должен еще кое-что проверить, и возвращается назад. Сверившись с планом, он находит пустое помещение в полу, которое осталось непроверенным, и когда несколько рабочих спускаются вниз и осматривают помещение, то находят там бледного лысого ребенка. Бройлс получает факс с информацией об этом случае, а в это время Элла будит Оливию. Рэйчел говорит, что собирается найти квартиру, а затем Оливии звонит Бройлс.

1 сезон 16 серия - Сорвавшееся с привязи (Unleashed)
Оливия читает Элле сказки на ночь, и ей звонит Питер. Она спрашивает, что случилось, но он отвечает, что хочет поговорить с Рэйчел. Оливия передает ей телефон, и Элла спрашивает, бывают ли на самом деле чудовища. Оливия отвечает, что чудовищ не бывает. В это время группа борцов за права животных вламывается в лабораторию. Они выпускают животных и оказываются у запертой двери. Когда у лаборатории появляется охранник и спрашивает, открыли ли они дверь, что-то утаскивает его внутрь и убивает, а когда активисты пытаются скрыться, существо преследует их.

1 сезон 17 серия - Дурные сны (Bad Dreams)
Женщина спускается в метро с коляской, в которой сидит ее дочь. Они опаздывают на свой поезд, и пока ждут следующего, девочка отпускает шарик. Женщина тянется за ним, в этот момент из тоннеля появляется поезд, и появившаяся откуда-то Оливия толкает ее вперед. Оливия просыпается от кошмара, в котором видела, как столкнула женщину под поезд, и когда видит выпуск новостей, то в нем рассказывают о женщине, покончившей с собой в метро.

1 сезон 18 серия - Полночь (Midnight)
Парень по имени Боб смотрит выпуск новостей об убийстве, а затем идет в ночной клуб. По дороге ему звонит девушка, которая хочет знать, где Боб был прошлой ночью, так как она не могла ему дозвониться. Боб отвечает, что был на конференции, а потом спал, и входит в клуб. Там он видит танцующую девушку, глаза которой светятся в темноте, и вскоре они оказываются в его номере. Девушка целует Боба, ломает ему шею, а затем уходит. Оливия и Рэйчел беседуют с парой знакомых, которые встретились благодаря службе знакомств.

1 сезон 19 серия - Невыбранная дорога (The Road Not Taken)
Бройлс сообщает собравшимся агентам ФБР о "ZFT" – организации, использующей передовые технологии в разрушительных целях. В это время женщина догоняет автобус, и когда садится на сиденье, на стекле появляется конденсат. Нервничая, она требует остановить автобус, выбегает на улицу, затем загорается, и через мгновение происходит взрыв. Уолтер листает копию манифеста, затем говорит Питеру, что должен кое-что ему показать. Питер подходит, Уолтер набивает на старой машинке слово и говорит, что именно на этой машинке и был напечатан манифест.

1 сезон 20 серия - Больше, чем одна вселенная (There Is More Than One Of Everything)
В нью-йоркскую больницу привозят женщину, и один из врачей говорит другому, что огнестрельная рана не единственная – повреждена еще и механическая рука. Этой женщиной оказывается Нина Шарп. Тем временем в офисе ФБР Оливия, Чарли и Бройлс смотрят запись с камеры наблюдения. На записи видно, как человек с забинтованным лицом убил охранника, а потом стрелял в Нину. Проверив образец голоса, они устанавливают, что этим человеком был мистер Джонс.